为防疫情扩散，柳清和又在江南各州县设立隔离营，将重症患者集中诊治，派专人照料，又令善益堂医者每日前往各村落巡查，为百姓诊脉，发现染疾者即刻施治。他又根据水疫的特点，修订江南防疫章程，添入**洪水防疫条令**，令百姓洪水过后勤晒衣、焚艾草、清淤泥，杜绝疫疾滋生。
历时两月，江南的水疫终被控制，百姓皆得以安居。杭州刺史感念柳清和之功，上奏太宗，言江南百姓因善益堂得以脱难，愿拨官银万两，助柳清和扩建水上药坊。太宗阅奏后，龙颜大悦，下旨褒奖柳清和，又令户部再拨银五千两，于江南建**水疫防治院**，专研水乡疫疾之治，由柳清和总领其事。
柳清和又将洪水防疫之法与新制药方补入《大唐冷萃药汇》江南卷，又令江南各书院将水疫防疫知识编入启蒙课本，教蒙童熟记。经此水疫，江南百姓的防疫之心更甚，户户皆备滤水器、艾草、菖蒲，疫疾再难大规模爆发，江南的水网之上，药舟穿梭，水上药坊的灯火，成了水乡百姓最安心的光亮。
与此同时，岭南沿海突遭台风肆虐，狂风巨浪掀翻渔船，冲毁渔村，渔民多有受伤，又因海边潮湿，伤口溃烂，加之台风过后瘴气滋生，岭南东部的潮州、泉州一带，竟出现了金疮与瘴疫并发的症状。苏晚彼时正在梧州主持药材采摘，接报后即刻率弟子携药材星夜赶往沿海。
苏晚见渔民伤口溃烂流脓，瘴疫发热者比比皆是，心中了然，此症需先治金疮，再祛瘴毒，双管齐下方能奏效。她取岭南的沉香、砂仁煮水消毒，又将西域传来的没药、乳香与岭南的紫草配伍，制成冷萃金疮愈液，涂抹患处可消炎生肌，又将巂州寻得的岩黄连与青蒿、荷叶配伍，制成新的祛瘴清瘟液，解百姓瘴疫之苦。
然沿海渔村分散，台风过后道路损毁，药船难至，苏晚便效仿岭南驿道之法，令沿海各州县设立**海上药驿**，于渔港、码头建药站，派医者驻站施治，又令渔村中熟悉海路的渔民，充作“海驿卒”，驾着小渔舟，载着药箱与药液，往来于各渔村之间，施药诊治，教百姓制药。
苏晚又发现，沿海渔民常年出海，易受海风与瘴气侵袭，便取岭南的五指毛桃、牛大力与海盐炒制，制成便携的**防瘴散**，装入布袋，渔民出海时佩戴于身，可防瘴气入体，又将海风藤、络石藤制成药膏，教渔民涂抹于船身，可防海虫滋生，保持船内干燥。潮州的渔民依此法而行，出海时染疾者竟锐减九成，皆称苏晚为“南海医母”。